Modi group

import pandas as pd
from katlas.data import *

Downloaded from Modi et al.,

group = pd.read_excel('raw/modi_group_41598_2019_56499_MOESM5_ESM.xlsx')

dup = group[group['5_Uni_acc'].duplicated(keep=False)]

# dup.to_csv('test.csv',index=False)

group=group[~group['5_Uni_acc'].duplicated(keep=False)]

info=Data.get_kinase_info()

info

	kinase	ID_coral	uniprot	ID_HGNC	group	family	subfamily_coral	subfamily	in_ST_paper	in_Tyr_paper	...	cytosol	cytoskeleton	plasma membrane	mitochondrion	Golgi apparatus	endoplasmic reticulum	vesicle	centrosome	aggresome	main_location
0	AAK1	AAK1	Q2M2I8	AAK1	Other	NAK	NaN	NAK	1	0	...	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
1	ABL1	ABL1	P00519	ABL1	TK	Abl	NaN	Abl	0	1	...	6.0	NaN	4.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol
2	ABL2	ABL2	P42684	ABL2	TK	Abl	NaN	Abl	0	1	...	4.0	6.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytoskeleton
3	TNK2	ACK	Q07912	TNK2	TK	Ack	NaN	Ack	0	1	...	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	8.0	NaN	2.0	vesicle
4	ACVR2A	ACTR2	P27037	ACVR2A	TKL	STKR	STKR2	STKR2	1	0	...	5.0	NaN	NaN	NaN	NaN	5.0	NaN	NaN	NaN	cytosol
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
518	YSK1	YSK1	O00506	STK25	STE	STE20	YSK	YSK	1	0	...	6.0	NaN	NaN	NaN	4.0	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol
519	ZAK	ZAK	Q9NYL2	MAP3K20	TKL	MLK	ZAK	ZAK	1	0	...	5.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	nucleus
520	ZAP70	ZAP70	P43403	ZAP70	TK	Syk	NaN	Syk	0	1	...	5.0	NaN	2.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol
521	EEF2K	eEF2K	O00418	EEF2K	Atypical	Alpha	eEF2K	eEF2K	1	0	...	9.0	NaN	1.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol
522	FAM20C	FAM20C	Q8IXL6	FAM20C	Atypical	FAM20C	NaN	FAM20C	1	0	...	2.0	NaN	NaN	NaN	7.0	1.0	NaN	NaN	NaN	Golgi apparatus

523 rows × 30 columns

group

	1_Group	2_Gene	3_HGNC	4_Uni_entry	5_Uni_acc	6_Domain_begin	7_Domain_end	8_Domain_length	9_Largest_insert_length	10_PDB_validation	11_Conformational_state	12_Dihedral_state	13_Group_in_Uni	14_Group_in_Manning	15_Synonymn
0	OTHER	AAK1	HGNC:19679	AAK1_HUMAN	Q2M2I8	46	313	268	11	4WSQB	DFGin	BLAminus	OTHER	OTHER	KIAA1048
1	TYR	AATK	HGNC:21	LMTK1_HUMAN	Q6ZMQ8	125	397	273	15	NaN	NaN	NaN	TYR	TYR	AATYK,KIAA0641,LMR1,LMTK1
2	TYR	ABL1	HGNC:76	ABL1_HUMAN	P00519	242	495	254	10	4TWPB	DFGin	BLAminus	TYR	TYR	ABL,JTK7
3	TYR	ABL2	HGNC:77	ABL2_HUMAN	P42684	288	541	254	10	2XYNC	DFGin	BLAminus	TYR	TYR	ABLL,ARG
4	TKL	ACVR1	HGNC:171	ACVR1_HUMAN	Q04771	208	497	290	16	6GIPA	DFGin	BLAminus	TKL	TKL	ACVRLK2
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
492	OTHER	WNK2	HGNC:14542	WNK2_HUMAN	Q9Y3S1	194	453	260	11	NaN	NaN	NaN	OTHER	OTHER	KIAA1760,PRKWNK2,SDCCAG43
493	OTHER	WNK3	HGNC:14543	WNK3_HUMAN	Q9BYP7	146	405	260	11	5O21B	DFGin	BLAminus	OTHER	OTHER	KIAA1566,PRKWNK3
494	OTHER	WNK4	HGNC:14544	WNK4_HUMAN	Q96J92	173	432	260	11	NaN	NaN	NaN	OTHER	OTHER	PRKWNK4
495	TYR	YES1	HGNC:12841	YES_HUMAN	P07947	277	528	252	10	NaN	NaN	NaN	TYR	TYR	YES
496	TYR	ZAP70	HGNC:12858	ZAP70_HUMAN	P43403	337	595	259	10	1U59A	DFGin	BLAminus	TYR	TYR	SRK

471 rows × 15 columns

group = group[['1_Group','2_Gene','5_Uni_acc']]

group.columns=['modi_group','modi_gene','uniprot']

group_id = group.set_index('uniprot')['modi_group']

info.uniprot.isin(group_id.index).sum()

info['modi_group']=info.uniprot.map(group_id)

reorder=['kinase', 'ID_coral', 'uniprot', 'ID_HGNC', 'modi_group', 'group', 'family',
       'subfamily_coral', 'subfamily', 'in_ST_paper', 'in_Tyr_paper',
       'in_cddm', 'pseudo', 'pspa_category_small', 'pspa_category_big',
       'cddm_big', 'cddm_small', 'length', 'human_uniprot_sequence',
       'kinasecom_domain', 'nucleus', 'cytosol', 'cytoskeleton',
       'plasma membrane', 'mitochondrion', 'Golgi apparatus',
       'endoplasmic reticulum', 'vesicle', 'centrosome', 'aggresome',
       'main_location']

info = info[reorder]

# info.to_csv('out/kinase_info_modi.csv',index=False)

Get the dup ‘test.csv’ matched manually

Add atypical group, change OTHER to Other

Kinase in modi group but not in kinome tree:

group[~group.uniprot.isin(info.uniprot)]

	modi_group	modi_gene	uniprot
51	CMGC	CDK11A	Q9UQ88
94	CMGC	CSNK2A3	Q8NEV1
307	OTHER	PAN3	Q58A45
314	AGC	PDPK2P	Q6A1A2
316	OTHER	PEAK3	Q6ZS72
333	CAMK	PLK5	Q496M5
406	CAMK	SIK1B	A0A0B4J2F2

group_id

uniprot
Q2M2I8    OTHER
Q6ZMQ8      TYR
P00519      TYR
P42684      TYR
Q04771      TKL
          ...  
Q9Y3S1    OTHER
Q9BYP7    OTHER
Q96J92    OTHER
P07947      TYR
P43403      TYR
Name: modi_group, Length: 471, dtype: object

info.merge(group_id.reset_index(),'left')

	kinase	ID_coral	uniprot	ID_HGNC	group	family	subfamily_coral	subfamily	in_ST_paper	in_Tyr_paper	...	cytoskeleton	plasma membrane	mitochondrion	Golgi apparatus	endoplasmic reticulum	vesicle	centrosome	aggresome	main_location	modi_group
0	AAK1	AAK1	Q2M2I8	AAK1	Other	NAK	NaN	NAK	1	0	...	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	OTHER
1	ABL1	ABL1	P00519	ABL1	TK	Abl	NaN	Abl	0	1	...	NaN	4.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol	TYR
2	ABL2	ABL2	P42684	ABL2	TK	Abl	NaN	Abl	0	1	...	6.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytoskeleton	TYR
3	TNK2	ACK	Q07912	TNK2	TK	Ack	NaN	Ack	0	1	...	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	8.0	NaN	2.0	vesicle	TYR
4	ACVR2A	ACTR2	P27037	ACVR2A	TKL	STKR	STKR2	STKR2	1	0	...	NaN	NaN	NaN	NaN	5.0	NaN	NaN	NaN	cytosol	TKL
...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...	...
518	YSK1	YSK1	O00506	STK25	STE	STE20	YSK	YSK	1	0	...	NaN	NaN	NaN	4.0	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol	STE
519	ZAK	ZAK	Q9NYL2	MAP3K20	TKL	MLK	ZAK	ZAK	1	0	...	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	nucleus	TKL
520	ZAP70	ZAP70	P43403	ZAP70	TK	Syk	NaN	Syk	0	1	...	NaN	2.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol	TYR
521	EEF2K	eEF2K	O00418	EEF2K	Atypical	Alpha	eEF2K	eEF2K	1	0	...	NaN	1.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN	cytosol	NaN
522	FAM20C	FAM20C	Q8IXL6	FAM20C	Atypical	FAM20C	NaN	FAM20C	1	0	...	NaN	NaN	NaN	7.0	1.0	NaN	NaN	NaN	Golgi apparatus	NaN

523 rows × 31 columns